Az edzés a nevét, Joseph Pilatesről kapta, aki kisfiú korában több betegségben is szenvedett. Ahhoz, hogy legyőzze betegségeit és gyengeségét tanulmányozni kezdte a keleti és a nyugati edzésformákat. Ezután a "kontroll művészetének" nevezett saját edzésmódszerét dolgozta ki, ami az izmok tudatos kontrollálására alapoz.
Az I. világháború után a háborús sérültek kezelésén dolgozott és rugót szerelt kórházi ágyaikra. Ez a mai Pilates gép elődje. Az első stúdióját New Yorkban nyitotta meg, majd ezután ugrás szerűen bővült a Pilates iránti rajongótábor.
Népszerűségét nagymértékben növeli, hogy olyan sztárok is előszeretettel járnak Pilates órákra, mint például Julia Roberts, Jennifer Aniston, Keanu Reevs vagy akár Madonna.