Az autoimmun betegségek sajátossága, hogy az immunrendszer a sejteket idegentestekként ismeri fel. Ezt a legfrissebb kutatások szerint akár egy aprócska mikróbás fertőzés is előidézheti. A fertőzés bekövetkeztekor az immunrendszer biztonsági lépéseket tesz a gyógyulás érdekében, amelynek során génátrendezéssel kiszűri az idegen testeket, méghozzá egy véletlenszerű mutációs folyamat segítségével, ami rendkívül gyors és kaotikus, és általában ez jelenti a legnagyobb problémát.
Az idegen antitestek ugyanis ebben a káoszban gyakran a saját szöveteket is felismerik, így hamis immunreakciót váltanak ki a testen belül. A kutatók mindezt egérkísérleteken is bebizonyították már a fentieket, ezek során pedig kiderült továbbá, hogy az immunrendszer, ha el is pusztítja a behatoló sejteket, képes kiszabadulni az a csíracentrumból, és a jövőben olyan - úgynevezett - auto-antitesteket előállítani, amelyek magyarázatot jelenthetnek arra, hogy miért és miként alakulhatnak ki a szervezet más részein is különféle autoimmun reakciók, illetve betegségek.